용궁단은 대웅전 우측에 자리하고 있다. 대략 사찰이 산에 위치해 있음으로 도량주인 산신각이 대웅전 뒤편이나 옆에 있다. 그러나 용궁사는 바다가 중심이기에 용왕단이 크게 자리잡고 있다.